咸阳与西安在历史上分分合合，司马迁在史记中曾说“秦咸阳即汉长安也”。据文献记载，秦帝国的首都咸阳，包括今西安市北部、西部和咸阳市东窑店乡之间渭河两岸的广阔地域。渭北区以长兴到三义为东西区间，北起咸阳塬的二道塬腹部，往南跨越渭河，至阿房、汉城、灞西一线，构成市中区；郊区大致范围，西北到今咸阳市东郊的塔儿坡、市北的“公陵”，东南可达今临潼西韩峪秦芷阳故地。南北长19公里，东西斜跨约63公里。所以说秦朝当时的咸阳不是现在西安的全部。
汉长安是在秦咸阳遗址基础上建立起来的，秦咸阳从惠文王以后，就不断向南扩展，在渭河以南修建了章台、兴乐宫、甘泉宫、信宫、阿房宫及七庙等建筑。刘邦夺得天下后，建都长安。修缮秦的兴乐宫而改为长乐宫，在秦章台基础上建未央宫。
​汉朝宫阙均在今西安市汉城保护区内，位于北二环以北。汉城筑于惠帝时，在今西安市西北，周围二十五公里；隋城筑于文帝时，号大兴城，包有今西安城和城东、南、西一带，周围三十六公里。隋开皇二年（582）在汉长安城东南建新都大兴城，入唐后改称长安，仍为都城，仅作了局部修建和扩充。至盛唐，长安为当时规模最大、最为繁华的国际都市。
秦朝时长安是咸阳下属的一个乡，而汉朝时咸阳又成为长安的属县；隋唐时，在原长安东南修建了新长安城，基本与今西安市重合；明清时，改名西安府，咸阳是西安府下辖的一个区县；民国初期，咸阳西迁到今咸阳的位置，成为关中地区的水运中心，依然属于西安管辖。
直到1953年，西安成为直辖市，咸阳县才正式独立设市。咸阳当时的脱离，是在特定历史时期下，按照直辖市不再管县的原则城乡分离的结果。之后，西安直辖取消，1966年，咸阳再度并入西安。然后是文革期间一系列的行政区划密集调整，1969年，陕西省革命委员会批准咸阳专区更名为咸阳地区，咸阳地区革命委员会由咸阳市迁至兴平县；1971年，西安市代管的咸阳市划归咸阳地区，咸阳地区革命委员会由兴平县迁回咸阳。
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